Neben den Gletschern haben vor allem auch die Fliessgewässer, besonders die Reppisch, die Landschaft Birmensdorf geprägt. Die Reppisch mit ihren Nebengewässern ist neben der Thur eines der wenigen, naturnah gebliebenen Gewässersysteme des Kantons Zürich.

Die Reppisch ist durch den Menschen verändert worden. Wegen dem Hochwasserschutz wurde sie eingedämmt und begradigt. Es bestehen aber noch naturnahe Abschnitte. Die Reppisch mit ihren Nebengewässern ist neben der Thur eines der wenigen, naturnah gebliebenen Gewässersysteme des Kantons Zürich Der Wüeritalweiher wurde künstlich als Lehmweiher angelegt. Er ersetzt jene natürliche Teiche und Nassgebiete, welche die Reppisch durch das Mäandrieren gestalten würde.